Les précédentes versions de PostGIS utilisaient les arbres R de PostgreSQL. Cependant, les arbres R de PostgreSQL ont été totalement supprimé depuis la version 0.6, et l'indexation spatiale est disponible avec un schéma arbre R sur arbre de recherches généralisés (GiST).
Nos tests ont montrés que la rapidité d'exécution pour les arbres R natifs et les GiST sont comparables. Les arbres R natifs de PostgreSQL ont deux limitations qui les rendent inutilisable pour une utilisation dans le cadre SIG (notez que ces limitations sont dues à l'implémentation des arbres R natifs de PostgreSQL, et non au concept d'arbre R en lui-même) :