Comme pour la plupart des installation Linux, la première étape consiste à générer le fichier Makefile qui sera utilisé pour compiler le code source. Cela est réalisé en lançant le script shell :
Sans paramètres supplémentaires, cette commande va tenter de localiser automatiquement les composants requis et les librairies nécessaires pour compiler le code source de PostGIS sur votre système. Bien que cela soit la manière standard d'utiliser le script configure, ce script supporte de nombreux paramètres pour ceux qui auraient installé les librairies nécessaires et les programmes dans des répertoires non standard.
La liste suivante présentent seulement les paramètres les plus couramment utilisés. Pour obtenir une liste complète des paramètres existant, utilisez le paramètre --help our --help=short.
pg_config pour permettre aux extensions comme PostGIS de récupérer le répertoire d'installation de PostgreSQL. Utilisez ce paramètre (--with-pg_config=/chemin/vers/pg_config) pour spécifier manuellement un répertoire d'installation de PostgreSQL spécifique à utiliser pour compiler PostGIS.geos-config qui permet au logiciels de récupérer le répertoire d'installation de GEOS. Utilisez ce paramètre (--with-geosconfig=/chemin/vers/geos-config) pour spécifier manuellement le répertoire d'installation de la version spécifique de GEOS avec laquelle vous souhaitez compilet PostGIS.--with-projdir=/chemin/vers/le_repertoire_de_proj) pour spécifier manuellement le répertoire d'installation de la version de Proj4 spécifique avec laquelle vous souhaitez compiler PostGIS.shp2pgsql intitulée : shp2pgsql-guiCe script produira le script configure qui sera ensuite utiliser pour paramétrer votre installation de PostGIS.
Au contraire, si vous avez obtenu le code source depuis l'archive, l'exécution du script ./autogen.sh ne sera pas nécessaire étant donné qu'il a déjà été généré.